日本侵台期间， 清廷任沈葆桢为钦差大臣， 先后调集一万多军队到台湾。沈葆桢以" 理谕" 、" 设防" 、" 开禁" 为处理原则， 调兵驻守各处， 建筑炮台， 铺设海底电线， 沟通闽台军务， 又抽调淮军到台。此举导致日本不敢轻举妄动， 乃有妥协之结果了结此事。

　　在交涉中， 沈葆桢坚持不许朝廷同意日本的赔偿请求， 奏称：" 倭备虽增， 倭情渐怯， 彼非不知难思退， 而谣言四布， 冀我受其恫喝，迁就求和……倘妄肆要求，愿坚持定见，力为拒却。"沈葆桢又致书李鸿章：" 我既以逸待劳， 以主待客， 自不必急于行成。" 议和已成，沈葆桢转而专心治台。

　　沈葆桢治台之第一策是改革台湾行政区划。由原来的1府4县3厅调整为2府（台北府、台湾府）8县4厅。大甲溪以北地区新设台北府（台北这个名字从此叫响），下设淡水、新竹、宜兰三县及基隆厅，以淡水县为附郭县。北部区划得以整合、加强。同时，在台南也进行了相应的全面改革，形成了至今沿用的行政区划形式。

　　第二策是开山、" 抚蕃" 。开山即打通台湾前山后山之隔绝状态，分北路、中路、南路同时进行。北路由噶玛兰厅苏澳至花莲奇莱，共计2 05 里。中路由彰化林圮埔至花莲璞石阁， 共计2 65 里。南路由屏东射寮至台东卑南，共计214里。所谓"抚蕃"，即实行汉化计划，包括选土目、查蕃户、定蕃业、通语言、禁仇杀、设"蕃学"、修道路、易冠服等。同时，禁止汉人对山地进入、开垦的禁令也被解除。来台者有船票、种子、房屋及一年半的口粮， 每人水田1 甲（ 1 甲约等于内地12亩）、旱地1甲，每10人耕牛4头、农具4副，三年后才收租赋。

　　第三策是表彰郑成功等人， 激励民心。郑成功从荷兰人手中收复台湾，是爱国壮举，不能因人废言。沈葆桢听从台湾府进士杨士芳等人建议，上奏朝廷，建祠祭祀包括南明死臣114人在内的前朝名人。朝廷允之， 并追谥" 忠节" 。沈葆桢亲自书写对联曰：" 开万古未曾有之奇， 洪荒留此山川， 作遗民世界； 极一生无可如何之遇， 缺憾还诸天地，是创格完人。"

　　第四策是推行" 自强新政" 。新建炮台， 加强台湾海防。为此，还在闽台间设置轮船，以便航运，并用先进方法开采煤矿。比如基隆煤矿采取的就是西式采煤技术。

　　在台一年多时间， 沈葆桢为此后的治台政策打下了坚实的基础。其"此次之善后与往时不同，台地之所谓善后，即台地之所谓创始也"的论断，被历史证明是晚清少有的远见卓识之语。通过与日本的交涉和治理台湾，沈葆桢令人折服地发出预警："东洋则终须一战"，"倭炽可忧"。

　　光绪元年(1875年)，清廷命南洋大臣沈葆桢督办南洋海防事宜，筹建新式海军。1879年，沈葆桢病死于两江总督任上。筹办海军的事务转到北洋大臣李鸿章手中，由此才有后来的北洋水师的辉煌。59岁的沈葆桢在弥留之际再三叮嘱："倭人夷我属国，虎视眈眈，凡有血气者，咸思灭此朝食……臣所每饭不忘者，在购办铁甲船一事，今无及矣。而恳恳之愚，总以为铁甲船不可不办，倭人万不可轻视伏望皇太后圣断施行，早日定计。"就在沈葆桢去世的这一年，日本正式兼并了琉球王国，并改为冲绳县。中国于1885年在台湾建省，刘铭传任

　　首任巡抚。中日之间直接对峙之势在东南沿海形成，离沈葆桢所预言的 "东洋终须一战"之硝烟已经不远了。


  

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