光绪元年（1875年）十二月，浙江绅士汪树屏等以"复审疑狱有官员间相袒护的事实"联名向都察院控诉。于是皇帝和太后开始关注此案。此时，恰值翁同龢擢升刑部右侍郎，直接负责重大案件的审办，他细阅全部案卷，发现供词与诉状的疑点和漏洞甚多。在询阅了杨乃武姐姐的呈词和浙江绅士的联名控诉，走访了浙江籍的京官，听取了刑部经办人员的各种意见之后，经过认真研究，讯问犯人，调查证人，重新检验尸骨，终于查清葛品连系病死而非中毒死亡。至此，杨乃武与小白菜冤案得以平反。办理此案的大小官员以及做伪证的证人全部受到惩治。《清史稿》记载此事时说："刑部平反浙江民人葛品连狱，巡抚杨昌浚、侍郎胡瑞澜褫职，知府以下论罪有差。申谕各省理刑，期情真罪当，毋轻率。"

　　此案可谓晚清中国狱讼、法制体系自我完善的典型。而翁同龢忠于职责、为平民平反的职业精神，也可谓一代帝师应有的风范。

　　甲午疑云

　　然而，翁同龢在一重大问题上，处理是否得当，至今仍然受到颇多争议。这就是甲午之战北洋水师的失败，被很多论者认为是因为他在担任户部尚书期间曾长期克扣甚至拒绝给李鸿章拨款而导致的。并且认为，这种关系又来自于翁同龢和李鸿章的"公报私仇"。一时间，在晚清政坛，当时就有攻击他们二人关系的流言蜚语。比如，"宰相合肥天下瘦，司农常熟世间荒"（李鸿章生于合肥，官至大学士；翁氏则生于常熟，时任户部尚书）的讽刺对联，就是其中之一。

　　诚然，作为帝党主谋的翁同龢和作为后党核心的李鸿章，在政见上确实不合，而且在另一种划分中，翁氏是作为与洋务派对着干的清流党出现的。但是，把翁李二人的政见不同，归结为私人恩怨，则是把民族大义庸俗化的一派意见。而把军费问题当成战败的理由，并进而把罪责推至翁同龢身上，则是转移视线的片面见解。

　　翁同龢和李鸿章在私人恩怨上，的确存在一段故事。但是，晚清政坛互相的攻击或者参劾并没有现在想象的那么严重，甚至到了睚眦必报的地步。只要是按照大清律例，查有实据，自己的亲属被人搞下了台，甚至砍了头，这是经常发生的官场恩怨。如果没有证据证明，仅仅是推测翁同龢因为其兄被李鸿章参劾，所以就怀恨在心，伺机报复，那么就是以当今小人之心，而度当年状元之腹了。

　　咸丰九年（1859年），安徽巡抚翁同书（翁同龢大哥）任安徽巡抚时，于定远被捻军和太平军围困之际，弃城逃跑。此事未平，第二年，寿州的团练首领苗沛霖因与其他团练仇杀而叛变朝廷，反攻寿州。

　　翁同书为招抚苗沛霖，答应了他的一切条件，宽恕了他的作乱行为，将苗沛霖的仇人团练孙开泰、蒙时中的首级交给苗祭灵雪仇。但苗沛霖的目的达到后，并不投诚。

　　尽管翁同书处理苗氏案子， 说" 其中难处， 非局外人所能想象"，但因其先是丢失疆土（弃城），继则被贼寇玩弄，依据律例，同治元年（ 1 8 6 2 年） 曾国藩具折严劾。写此折的正是时在曾国藩幕中任事的李鸿章。其中" 臣职分所在，例应纠参，不敢因翁同书之门第鼎盛，瞻顾迁就"的话语，矛头实际对准了翁氏家族（翁心存此时朝中担任小皇帝同治师傅）。初，翁同书被定"大辟"（斩首）。翁心存为此竟然病急而逝。后翁同书实判流放西北，三年后也病死。


  

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